４月担い手を対象とした「水田・畑作経営所得安定対策（品目横断的経営安定対策）」がスタート。「水田・畑作経営所得安定対策」スタートこれまでのあゆみ2000年～2009年ペイオフ全面解禁に伴う、決済用貯金の取扱を開始。４月決済用貯金の取扱開始当ＪＡがＪＡ全中「平成１８年度全国優良農協」を受賞。その功績は優良な6JAのひとつに選ばれた。３月「全国優良農協」受賞１１月東彼杵町三根郷に「北部物流センター」を落成。「北部物流センター」落成5月「水田・畑作経営所得安定対策（品目横断的経営安定対策）」に向け、管内で集落営農組織が続々と設立。「集落営農組織」設立2006年（平成１８年度） 低温・日照不足に加え、大型台風１３号の襲来で壊滅的な被害を受けました。その後も塩害や干害に見舞われ、水稲の作況指数は管内の南部・中部で４４、北部で８４を記録。同年開催されたトリノオリンピック・フィギュアスケートで、荒川静香選手が金メダルを獲得。上体をそらした独特のポーズ「イナバウアー」が話題となりました。2007年（平成１９年度） 産地・原材料・賞味期限などを偽った食品偽装事件が立て続けに発覚。その後の中国製冷凍ギョーザ中毒事件を契機に、一気に国産志向が高まりました。当JAでは「小野斎場協同社」と「北高給油所」をオープンし、より一層組合員・地域に貢献するJAを目指しました。また青年部がJA全国青年大会にて日本一を受賞する喜ばしいニュースもありました。JA Nagasaki Ken-ou 20th Anniversary09
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